Вопрос: В панели ISPmanager при включении пользователю возможности изменять конфигурацию php, у него не появляется соответствующего меню и в его папке нет файла php.ini.
Ответ: Когда php используется как модуль Apachе, настройки пользователям не нужны, они одинаковые для всех и берутся из основного файла php.ini.
Если перевести сайт на php как CGI, то у пользователей появятся свои настройки. Для того, чтобы включить режим php как CGI, необходимо открыть свойства сайта через панель управления и там выбрать нужный режим php из списка режимов, разрешенных пользователям.